El alto contenido de sal en suelos salinos- alcalinos conduce a una insuficiencia de nutrientes, reduciendo así la productividad agrícola. Esto ha generado un gran interés en mejorar los suelos salinos- alcalinos. En esta investigación, se empleó la secuenciación de alto rendimiento del gen 16S rRNA para examinar los impactos de tres sistemas de cultivo (monocultivo, rotación y mezcla) en las comunidades bacterianas del suelo. Se encontró que las rotaciones y mezclas de cultivos aumentaron significativamente la diversidad alfa bacteriana del suelo. El análisis de random forest mostró una relación lineal significativa entre AK y EC y la diversidad alfa bacteriana. Además, el análisis de coordenadas principales (PCoA) confirmó las diferencias significativas en la diversidad beta entre las diferentes capas del suelo. A través del análisis de redes de co-ocurrencia, se encontró que las rotaciones y mezclas de cultivos aumentaron la estabilidad y complejidad de las redes de co-ocurrencia. Al calcular NST para analizar el proceso de ensamblaje de las comunidades bacterianas del suelo en diferentes sistemas de cultivo, se encontró que el proceso de ensamblaje de las comunidades bacterianas del suelo estaba dominado por un proceso estocástico. Los resultados de la predicción funcional mostraron que un gran número de microbios de ciclo de C, N y S aparecieron en las comunidades bacterianas del suelo. Nuestro estudio tiene como objetivo establecer una nueva perspectiva sobre la mejora y recuperación de los suelos salinos- alcalinos.