La defensa mucociliar, mediada por las células ciliadas y las células caliciformes, es fundamental para la salud respiratoria. La acción concertada del movimiento ciliar en la superficie epitelial respiratoria y la función de atrapamiento de patógenos del moco ayudan a mantener las vías respiratorias saludables. En consecuencia, los defectos genéticos o adquiridos en la defensa pulmonar provocan enfermedades respiratorias e infecciones microbianas secundarias que dañan la función pulmonar y pueden ser incluso fatales. Las personas que viven con enfermedades respiratorias crónicas y agudas son más susceptibles de desarrollar una enfermedad grave por coronavirus 19 (COVID-19) y, por lo tanto, deben ser gestionadas de manera competente. A la luz de la pandemia actual, revisamos la comprensión actual del sistema respiratorio y sus componentes moleculares, con un enfoque principal en la fisiopatología que surge debido a la integridad colapsada del epitelio respiratorio, como el movimiento ciliar anormal, la pérdida y disfunción de cilios, la destrucción de células ciliadas y los cambios en la reología del moco. La revisión incluye redes de interacción de proteínas de las implicaciones manifestadas por la infección por coronavirus en la maquinaria molecular que regula la eliminación mucociliar. También proporcionamos una visión sobre la alteración de las redes transcripcionales de genes en el nasofaringe asociadas con el aparato de eliminación mucociliar en humanos tras la infección por el coronavirus del síndrome respiratorio agudo severo-2.