un género de Amaranthaceae, se divide en tres subgéneros y contiene aproximadamente de 70 a 80 especies. Comprender sus relaciones filogenéticas es esencial para la clasificación de especies, la evaluación de la diversidad genética y los estudios evolutivos. Este conocimiento es vital para mejorar la utilización en la mejora de cultivos y gestionar los impactos ecológicos de las malas hierbas invasoras. En este estudio, analizamos los genomas de cloroplastos de 27 especies de los tres subgéneros para caracterizar sus características genómicas y construir un árbol filogenético completo. Nuestro objetivo era elucidar las relaciones filogenéticas dentro del género y evaluar las afinidades interespecíficas entre los subgéneros. También abordamos la ambigüedad taxonómica que rodea a y para determinar sus especies distintas dentro del género. Los tamaños de los genomas de cloroplastos variaron de 149,949 a 150,818 pb, con un contenido de GC que varió entre el 36.52% y el 36.63%. Los análisis estructurales comparativos confirmaron estructuras cuadripartitas altamente conservadas, contenido y organización de genes, que comprenden 87 genes codificadores de proteínas, 37 tARN y 8 rARN. Los análisis de repeticiones y uso de codones revelaron patrones de repetición conservados y una preferencia por codones que terminan en A o U. El análisis de presión de selección indicó una selección predominantemente purificadora, con mostrando signos de selección positiva, particularmente en . El análisis filogenético de 80 genes codificadores de proteínas confirmó la monofilia del subgénero pero encontró que y eran parafiléticos. A pesar de su similitud morfológica, y se colocaron en clados separados dentro del subgénero , agrupándose con , y alineándose con el complejo. Además, identificamos 16 regiones variables como posibles marcadores moleculares para la identificación de especies. Nuestro estudio proporciona el conjunto de datos de genoma de cloroplasto más completo hasta la fecha, ofreciendo nuevas perspectivas sobre sus relaciones evolutivas y valiosos recursos genómicos para la taxonomía, la gestión de germoplasma y la evaluación del riesgo invasivo.