La resistencia sistémica inducida (ISR) es un mecanismo involucrado en la respuesta de defensa de las plantas contra patógenos. Ciertos miembros del género son capaces de promover la ISR al mantener un aparato fotosintético saludable, lo que prepara a la planta para futuras situaciones de estrés. El objetivo del presente estudio fue analizar el efecto de la inoculación en la expresión de genes involucrados en las respuestas de las plantas a patógenos, como parte de la ISR, durante la interacción de plantas infectadas con PepGMV. Se evaluaron los efectos de la inoculación de las cepas en plantas de pimiento infectadas con PepGMV observando la acumulación de ADN viral y los síntomas visibles de las plantas de pimiento durante un experimento de seguimiento en invernadero y en experimentos in vitro. También se evaluó la expresión relativa de los genes de defensa. Los resultados mostraron que las plantas inoculadas con K47, K46 y sp. M9 tuvieron una reducción en el título viral de PepGMV, y los síntomas en estas plantas fueron menos severos en comparación con las plantas infectadas con PepGMV y no inoculadas. Además, se observó un aumento en los niveles de transcripción de los genes en plantas inoculadas con cepas. Nuestros resultados sugieren que la inoculación de cepas interfiere con la replicación viral, a través del aumento en la transcripción de genes relacionados con la patogénesis, lo que se refleja en una disminución de la sintomatología de la planta y una mejora en el rendimiento en el invernadero, independientemente del estado de infección por PepGMV.