La reducción significativa en la producción agrícola y el declive en la calidad del producto son dos de los impactos negativos más evidentes causados por los hongos patógenos de plantas (PPF). Además, los alimentos contaminados o el tránsito podrían introducir micotoxinas producidas por los PPF directamente en la cadena alimentaria. Consumir alimentos contaminados con micotoxinas es extremadamente peligroso tanto para la salud humana como para la animal. El uso de fungicidas es la primera opción para controlar los PPF o sus toxinas en los alimentos. La resistencia a los fungicidas y sus efectos en el medio ambiente y la salud pública son cada vez más preocupantes, a pesar de que se utilizan fungicidas químicos para limitar la toxicidad de los PPF y controlar su crecimiento en los cultivos. Los fungicidas inducen alteraciones en el sitio objetivo y activación de bombas de eflujo, y las mutaciones en los PPF resultan en resistencia. Como resultado, las tendencias globales están cambiando de pesticidas fabricados químicamente hacia el manejo de enfermedades fúngicas en plantas utilizando diversas técnicas, tácticas y enfoques de biocontrol. Sin embargo, los programas de vigilancia para monitorear la resistencia a los fungicidas y su impacto ambiental son mucho menos numerosos en comparación con los programas de vigilancia de la resistencia a los antibióticos bacterianos. En esta revisión, discutimos los PPF que contribuyen al desarrollo de enfermedades en las plantas, los fungicidas utilizados contra ellos, los factores que causan la propagación de los PPF y la aparición de nuevas cepas, los mecanismos de resistencia antifúngica de los PPF, la salud, los impactos ambientales de los fungicidas y el uso de agentes de biocontrol (ABC), péptidos antimicrobianos (PAM) y nanotecnologías para controlar los PPF como una alternativa segura y ecológica a los fungicidas.