El trigo de hierba intermedia (IWG, (Host) Barkworth & D.R. Dewey subsp. 2 = 6 = 42) es un nuevo cultivo perenne que actualmente está siendo domesticado. Ofrece notables servicios ecosistémicos y produce rendimientos superiores en comparación con otros cultivos de granos perennes. Aunque el IWG es en su mayoría resistente a la Fusariosis de la espiga (FHB), identificar regiones genómicas asociadas con la resistencia ayudará a proteger el cultivo de posibles epidemias de enfermedades. Se desarrolló una población biparental de IWG de 108 individuos cruzando padres con diferentes respuestas a FHB y la bacteriosis del maíz. La población fue evaluada durante tres años en su reacción a enfermedades utilizando aislamientos recolectados de plantas de IWG en St. Paul, Minnesota, EE. UU. Se construyeron mapas de ligamiento que representan los 21 cromosomas de IWG a partir de 4622 marcadores de Polimorfismos de Nucleótido Único (SNP), con un SNP cada 0,74 cM. El mapeo de intervalos identificó 15 loci de caracteres cuantitativos (QTL) asociados con la resistencia a FHB y 11 con la resistencia a la bacteriosis del maíz. Los modelos con combinaciones de dos o tres QTL redujeron la gravedad de la enfermedad de FHB hasta en un 15%, y la de la bacteriosis hasta en un 17%. Cuando se utilizaron marcadores asociados con la resistencia a FHB como cofactores en modelos de selección genómica, la capacidad predictiva del rasgo mejoró entre un 24 y un 125%. Estas regiones genómicas y marcadores genéticos asociados con la resistencia a FHB y la bacteriosis del maíz también pueden ser utilizados para proteger los granos de cereales anuales mediante la introgresión génica y la cría selectiva.