Se llevó a cabo una selección divergente para la resistencia en conejos durante 12 generaciones. El criterio de selección fue aumentar (la línea HO) y disminuir la variabilidad del tamaño de camada al nacer (la línea HE). La línea HO (más resistente) muestra un tamaño de camada mayor que la línea HE (menos resistente). La línea HO muestra un mayor tamaño de camada y desarrollo embrionario que la línea HE. El objetivo de este trabajo es investigar el perfil de ácidos orgánicos en plasma en ambas líneas en el apareamiento y la gestación temprana para analizar el efecto de la selección por resistencia en la tasa de ovulación y la gestación temprana. Se utilizaron un total de 19 y 18 hembras multiparálicas no lactantes de las líneas HE y HO. Se estudiaron la tasa de ovulación, embriones normales y el porcentaje de mórulas compactadas a las 72 horas post-coito (hpc), y se obtuvieron muestras de sangre en el apareamiento y a las 72 hpc. El perfil orgánico se determinó mediante HPLC. Se utilizó metodología bayesiana para el análisis estadístico. La línea HE tuvo un 1.5% menos de embriones normales y un 12.3% menos de mórulas compactadas que la línea HO. La tasa de ovulación fue similar en ambas líneas. El ácido alfa-cetoglutárico y el ácido cis-aconítico fueron más altos en la línea HE que en la línea HO. El ácido cítrico, el ácido láctico y el ácido pirúvico fueron más altos en el apareamiento que en la gestación temprana. En conclusión, la menor eficiencia en la utilización de fuentes de energía en la línea HE podría explicar la reducción en la producción de embriones observada. El perfil orgánico varía dependiendo del estado reproductivo de la hembra.