La propagación de la resistencia a los antimicrobianos es una de las principales emergencias de salud de las últimas décadas. Las bacterias resistentes a los antimicrobianos amenazan no solo a los humanos, sino también a las poblaciones de animales domésticos y salvajes. El propósito de este estudio fue evaluar la distribución de la resistencia a los antibióticos (AMR) y la resistencia a múltiples fármacos (MDR) en cepas bacterianas aisladas de seis poblaciones de murciélagos del sur de Italia. Utilizando el método de difusión en disco, evaluamos la susceptibilidad antimicrobiana de 413 cepas de bacterias Gram-negativas y 183 cepas de bacterias Gram-positivas aisladas de hisopos rectales (R), orales (O) y conjuntivales (C) de 189 murciélagos pertenecientes a 4 especies insectívoras. En todas las especies de murciélagos y ubicaciones, numerosas cepas bacterianas mostraron altos niveles de AMR para algunas de las moléculas probadas. En cepas Gram-negativas y Gram-positivas, los patrones de resistencia variaron de uno a trece. Los patrones de MDR variaron significativamente entre los sitios, siendo la Grotta dei Pipistrelli en Pantalica la que mostró los niveles más altos de MDR (77.2% de los aislados). No se encontraron diferencias significativas entre las diferentes especies de murciélagos. El monitoreo de la resistencia a los antibióticos en la vida silvestre es un método útil para evaluar el impacto de la presión antrópica y la contaminación ambiental. Nuestro análisis revela que la contaminación antrópica puede haber contribuido a la propagación del fenómeno de resistencia a los antibióticos entre los sujetos que examinamos.