Este estudio utilizó una colección diversa (5658) obtenida de varias especies y regiones geográficas, depositada en el Centro Nacional de Agrobiodiversidad, Banco de Germoplasma. Empleamos 19 marcadores SNP a través de un sistema de genotipado Fluidigm y examinamos estas colecciones contra ocho enfermedades prevalentes del pimiento. Este estudio reveló accesiones resistentes a enfermedades individuales, así como aquellas que exhiben resistencia a múltiples enfermedades, incluyendo mancha bacteriana, antracnosis, oídio, pudrición de raíces y potivirus. Las accesiones fueron identificadas como materiales resistentes contra mancha bacteriana, antracnosis, oídio y pudrición de raíces, subrayando los robustos mecanismos de defensa natural inherentes en las especies silvestres y su potencial uso como fuentes de resistencia para la cría. Las especies también demostraron ser una fuente prometedora de resistencia a las principales enfermedades del pimiento. En general, se ha identificado germoplasma resistente a enfermedades de varias especies. Originarias de diversas localidades como Argentina, Bolivia y el Reino Unido, estas accesiones demostraron consistentemente resistencia, indicando la amplia prevalencia de rasgos resistentes a enfermedades en diversos entornos. Además, seleccionamos diez accesiones de pimiento basadas en su resistencia a múltiples enfermedades, incluyendo CMV, pudrición de raíces, potivirus y TSWV, obtenidas de diversas regiones geográficas como Hungría, Perú, Estados Unidos y los Países Bajos. Este análisis integral proporciona valiosos conocimientos sobre la resistencia a enfermedades, crucial para fomentar prácticas agrícolas sostenibles y avanzar en la mejora de cultivos a través de estrategias de cría.