La camelia del té de aceite (spp.) es un importante cultivo leñoso de aceite con un alto valor nutricional y económico. La tecnología de resecuenciación del genoma completo (WGR) puede proporcionar una comprensión profunda del trasfondo genético de esta planta, así como una referencia para la investigación en mejoramiento, conservación de recursos de germoplasma y modificación genética. En este estudio, analizamos las variaciones de SNP e InDel en 49 muestras de germoplasma de camelia del té de aceite recolectadas de cinco poblaciones ubicadas en tres provincias de China: Hainan, Guangdong y Guangxi. Las muestras fueron analizadas a través de WGR después de que se determinó la ploidía de las muestras mediante citometría de flujo. Se obtuvieron un total de 239,441,603 polimorfismos de nucleótido único (SNP) de alta calidad y 23,510,374 sitios de variación de inserción/deleción (InDels) de alta calidad. La distribución de SNP e InDels en diferentes regiones funcionales difirió significativamente, con una alta densidad de variaciones en regiones no codificantes, como regiones intergénicas e intrones, y una densidad relativamente baja de variaciones en regiones codificantes. La transición fue el principal tipo de variación de SNP. Un análisis de diversidad genética poblacional reveló que las poblaciones de camelia del té de aceite muestreadas exhibieron una alta diversidad genética y una amplia variación genética. La diversidad genética de las poblaciones de camelia del té de aceite en la región de Hainan fue mayor que en las regiones interiores. Este estudio también determinó la diversidad genética y las variaciones entre la camelia del té de aceite octoploide y decaploide en los trópicos y entre la camelia del té de aceite basada en Hainan y la del interior. Tales hallazgos proporcionan una referencia para la conservación de recursos de germoplasma y la modificación genética de la camelia del té de aceite.