El fitomicrobioma juega un papel crucial en la salud del suelo y del ecosistema, abarcando tanto a miembros beneficiosos que proporcionan bienes y servicios ecosistémicos críticos como a patógenos que amenazan la seguridad alimentaria. Los beneficios potenciales de aprovechar el poder del fitomicrobioma para la supresión y gestión de enfermedades de las plantas son indiscutibles y son de interés en la agricultura, así como en la silvicultura y el paisajismo. De hecho, las enfermedades de las plantas pueden ser mitigadas mediante manipulaciones in situ de microorganismos residentes a través de prácticas agronómicas (como la labranza mínima, la rotación de cultivos, el cultivo de cobertura, el acolchado orgánico, etc.) así como aplicando inoculantes microbianos. Sin embargo, numerosos desafíos, como la falta de métodos estandarizados para el análisis del microbioma y la dificultad de traducir los hallazgos de la investigación en aplicaciones prácticas, están en juego. Además, el cambio climático está afectando la distribución, abundancia y virulencia de muchos patógenos de plantas, mientras que también altera el funcionamiento del fitomicrobioma, complicando aún más las estrategias de gestión de enfermedades. Aquí, primero revisaremos la literatura que demuestra cómo se ha encontrado que las prácticas agrícolas son efectivas para promover la salud del suelo y mejorar la supresividad y mitigación de enfermedades a través de un cambio en el fitomicrobioma. Luego se discutirán los desafíos y barreras para la identificación y uso del fitomicrobioma en la gestión de enfermedades de las plantas antes de centrarnos en los posibles impactos del cambio climático en el funcionamiento del fitomicrobioma y el resultado de las enfermedades.