El resecuenciado de genoma completo revela la diversidad genética y las firmas de selección de la desde la meseta de Yunnan-Guizhou
Autores: Yuan, Xiaoyan; Fu, Minglian; Li, Genze; Qu, Cunmin; Liu, Hao; Li, Xuan; Zhang, Yunyun; Zhang, Yusong; Zhao, Kaiqin; Zhang, Lifan; Luo, Yanqing; Li, Jinfeng; He, Xiaoying; He, Liu; Liu, Feihu
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
El resecuenciado de genoma completo revela la diversidad genética y las firmas de selección de la desde la meseta de Yunnan-Guizhou
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Adaptado
Zonas climáticas
Variaciones genéticas
Tipos ecológicos
Genoma
Grupos genéticos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 21
Citaciones: Sin citaciones
Se ha adaptado a diversas zonas climáticas y latitudes, especialmente en el Plateau de Yunnan-Guizhou con la complejidad y diversidad de los tipos ecológicos del oeste de China. Sin embargo, las variaciones genéticas subyacentes a la diversidad de estos ecotipos son poco conocidas. En este estudio, resecuenciamos el genoma de 193 accesiones indígenas y obtuvimos 1.04 millones de SNPs de alta calidad y 3.23 millones de InDels al mapear las lecturas en los genomas de referencia de var. El análisis de fenotipo, genética de poblaciones, filogenético y de componentes principales mostró una considerable variación genética que incluye cuatro grupos genéticos distintos. El análisis de barrido selectivo y un estudio de asociación a nivel genómico revelaron los genes candidatos para el color de la semilla y la biosíntesis de ácidos grasos. Los resultados proporcionan una visión integral sobre la propagación y mejora de y sientan las bases para acelerar la cría de colza al facilitar la selección de marcadores moleculares.
Descripción
Se ha adaptado a diversas zonas climáticas y latitudes, especialmente en el Plateau de Yunnan-Guizhou con la complejidad y diversidad de los tipos ecológicos del oeste de China. Sin embargo, las variaciones genéticas subyacentes a la diversidad de estos ecotipos son poco conocidas. En este estudio, resecuenciamos el genoma de 193 accesiones indígenas y obtuvimos 1.04 millones de SNPs de alta calidad y 3.23 millones de InDels al mapear las lecturas en los genomas de referencia de var. El análisis de fenotipo, genética de poblaciones, filogenético y de componentes principales mostró una considerable variación genética que incluye cuatro grupos genéticos distintos. El análisis de barrido selectivo y un estudio de asociación a nivel genómico revelaron los genes candidatos para el color de la semilla y la biosíntesis de ácidos grasos. Los resultados proporcionan una visión integral sobre la propagación y mejora de y sientan las bases para acelerar la cría de colza al facilitar la selección de marcadores moleculares.