La cría de razas de ganado vacuno de alta calidad es crucial para el desarrollo de la ganadería, y la resecuenciación del genoma completo se aplica ampliamente en el campo de la cría molecular. Existen ventajas en los rasgos de crecimiento y reproducción en el ganado Pinan en comparación con otras razas de ganado, pero hay una investigación limitada sobre su mecanismo genómico. Utilizando la resecuenciación del genoma completo, se investigaron la estructura genética y las firmas de selección genómica en el ganado Pinan en este estudio. Los resultados del análisis filogenético, de agrupamiento y de mezcla indicaron que el ganado Pinan tiene una relación genética más cercana con el ganado Kholmogory y las razas de ganado del norte de China. A través de una estrategia de barrido selectivo, se identificaron 207 y 54 genes candidatos relacionados con el crecimiento, la reproducción y la inmunidad, respectivamente, en la población de ganado Pinan. Dado el papel crucial del gen de la ligasa de glutamato-cisteína en la defensa antioxidante muscular, la alta frecuencia del alelo T del locus c.429 C>T en la población de ganado Pinan podría contribuir parcialmente a las ventajas del ganado Pinan en el rendimiento de crecimiento. Este estudio sentó las bases para la mejora genética en el ganado vacuno local chino y proporciona antecedentes para los estudios sobre el crecimiento y desarrollo del ganado Pinan.