Con el tiempo, las razas de ganado indígenas han desarrollado resistencia a enfermedades, tolerancia al calor y adaptabilidad a entornos difíciles. Descifrar los mecanismos genéticos subyacentes a los rasgos adaptativos es crucial para su mejora y utilización sostenible. Por primera vez, realizamos secuenciación de genoma completo para desvelar la diversidad genómica, la estructura poblacional y las firmas de selección del ganado Abigar que vive en un entorno tropical. El análisis de la estructura poblacional reveló que el ganado Abigar exhibe alta diversidad de nucleótidos y heterocigosidad, con bajos tramos de homocigosidad y desequilibrio de ligamiento, lo que sugiere un paisaje genético menos restringido por la endogamia y enriquecido por la diversidad. Utilizando métodos de escaneo de selección de diversidad de nucleótidos (Pi) y diferenciación poblacional, identificamos 83 genes compartidos que probablemente están asociados con la adaptación tropical. El análisis de anotación funcional reveló que algunos de estos genes están potencialmente vinculados a la tolerancia al calor, la respuesta inmune y la respuesta al estrés oxidativo. Dado el impacto más amplio del cambio climático en la producción de ganado, comprender los mecanismos genéticos de adaptación de las razas locales se vuelve crucial para responder mejor a los cambios climáticos y ambientales. En este contexto, nuestro hallazgo establece una base para futuras investigaciones sobre los mecanismos que sustentan la adaptación del ganado a entornos tropicales.