El centeno (ssp. L.) es un domesticado secundario, considerado que se originó como una maleza en campos de trigo y desarrolló rasgos de domesticación al evolucionar características fisiológicas y morfológicas similares a las del trigo. Aunque migró a Europa como una maleza con rasgos de domesticación, se convirtió en uno de los cultivos más significativos cultivados en gran parte de Europa desde la época medieval en adelante. Dentro de las fronteras modernas de Alemania, el centeno se cultivaba utilizando al menos dos prácticas de cultivo divergentes: monocultivo eterno de centeno y rotación de tres campos. La paja de centeno se utilizaba para producir Wellerhölzer, que son componentes de construcción en casas tradicionales de entramado de madera que han permitido una preservación desecada de los restos de plantas. Con el fin de evaluar el impacto de las prácticas de cultivo, las condiciones ambientales locales y la variación genética en la diversificación genética del centeno, buscamos integrar métodos arqueobotánicos bien establecidos con la secuenciación de aDNA de restos de plantas desecadas obtenidas de Wellerhölzer de Alemania. En la presente contribución, presentamos una prueba de concepto, basada en el análisis de restos de plantas de un Wellerholz del Ayuntamiento Viejo de Gotinga. Utilizamos la ecología de la maleza arvense para reconstruir las prácticas de cultivo y las condiciones ambientales locales y presentamos un análisis filogenético basado en loci específicos del genoma del cloroplasto y nuclear. Nuestros resultados enfatizan que el estudio de restos desecados de plantas de Wellerhölzer ofrece una oportunidad única para una integración de reconstrucciones arqueobotánicas de prácticas de cultivo y ambiente local y la secuenciación de aDNA.