El agarwood es una madera resinosa que se forma en respuesta a heridas mecánicas. Sin embargo, la respuesta transcripcional a las heridas mecánicas durante el proceso de formación del agarwood aún no está clara. Aquí, tres árboles de cinco años fueron dañados mecánicamente con un cincel, y se realizó un análisis transcriptómico en serie temporal de los tejidos del xilema en el área tratada (TA) a los 15 (TA1), 70 (TA2) y 180 días después del tratamiento (TA3). Se recolectaron muestras de áreas no tratadas en los puntos de tiempo correspondientes (UA1, UA2, UA3, respectivamente) como controles. Un total de 1862 (TA1 vs. UA1), 961 (TA2 vs. UA2), 1370 (TA3 vs. UA3), 3305 (TA2 vs. TA1), 2625 (TA3 vs. TA1), 2899 (TA3 vs. TA2), 782 (UA2 vs. UA1), 4443 (UA3 vs. UA1) y 4031 (UA3 vs. UA2) genes fueron expresados diferencialmente (DEGs). El análisis de enriquecimiento funcional mostró que los DEGs estaban significativamente enriquecidos en procesos metabólicos secundarios, transducción de señales y procesos de regulación transcripcional. La mayoría de los genes involucrados en la biosíntesis de lignina eran más abundantes en los grupos TA, que incluían , , , y . También se identificaron DEGs involucrados en la biosíntesis de sesquiterpenos. , , y genes se incrementaron significativamente en los grupos TA, promoviendo la biosíntesis de sesquiterpenos en los tejidos de xilema heridos. Las redes transcriptómicas de genes y factores de transcripción (TF) sugirieron que los TFs de unión al ADN MYB, NAM, WRKY, HLH y AP2 coexpresaron con genes relacionados con la síntesis de lignina y sesquiterpenos, indicando sus roles regulatorios críticos en la biosíntesis de estos compuestos. En general, nuestro estudio revela una respuesta transcripcional dinámica a las heridas mecánicas, proporciona un recurso para identificar genes candidatos para la mejora molecular de la calidad del agarwood y arroja luz sobre los mecanismos moleculares de formación del agarwood en .