Las enfermedades causadas por tripanosomátidos (enfermedad del sueño, enfermedad de Chagas y leishmaniasis) son una grave preocupación de salud pública en países endémicos de bajos ingresos. Estas enfermedades son producidas por parásitos unicelulares con un genoma diploide (aunque la aneuploidía es frecuente) organizados en pares de cromosomas no condensables. Para explicar la forma en que se reproducen a través del análisis de poblaciones naturales, se tomó como regla al principio de los estudios la teoría de la propagación clonal estricta de estos microorganismos, ya que justificaba parcialmente su estabilidad genómica. Sin embargo, numerosos trabajos experimentales proporcionan evidencia de reproducción sexual, explicando así ciertos eventos que ocurren naturalmente y que vinculan el número de meiosis por mitosis y la frecuencia de apareamiento. Técnicas recientes han demostrado el intercambio genético entre individuos de la misma especie en condiciones de laboratorio, así como la expresión de genes específicos de meiosis. El debate actual se centra en la frecuencia de los eventos de recombinación genómica y su impacto en la estructura de la población natural de parásitos. Este artículo revisa los resultados y técnicas utilizadas para demostrar la existencia de sexo en tripanosomátidos, la herencia del ADN kinetoplásmico (maxi- y minicirculos), el impacto del intercambio genético en estos parásitos y cómo puede contribuir a la diversidad fenotípica de las poblaciones naturales.