La mentha amenazada Florida skullcap es endémica de cuatro condados en la península de Florida. Debido al desarrollo y la modificación del hábitat, se han extinguido varias ocurrencias históricas, quedando solo 19 hasta la fecha. Para informar sobre la gestión de la conservación y las decisiones de deslistado, se llevó a cabo una investigación exhaustiva de la diversidad genética y la relación, la estructura poblacional y la diversidad clonal utilizando datos de SNP generados por ddRAD. En comparación con otras Lamiaceae, detectamos baja diversidad genética ( = 0.125-0.145), baja a moderada evidencia de endogamia ( = -0.02-0.555) y divergencia moderada ( = 0.05-0.15). Identificamos ocho poblaciones con la mayor parte de la diversidad genética, que deben ser protegidas in situ, y cuatro poblaciones con baja diversidad genética y alta clonalidad. La reproducción clonal en nuestros parcelas circulares y en el 92% de los sitios examinados fue sustancial, con una riqueza clonal promedio de 0.07 y 0.59, respectivamente. Parece haber experimentado un continuo declive en el número de poblaciones existentes desde su inclusión en la Ley de Especies en Peligro; sin embargo, la combinación de reproducción sexual y asexual puede ser ventajosa para mantener la viabilidad de las poblaciones existentes. Sin embargo, la especie probablemente requerirá un monitoreo continuo, gestión y una mayor concienciación pública para asegurar su supervivencia y conservar efectivamente su diversidad genética.