La repetición de secuencias simples basada en múltiples genomas es un método eficiente y exitoso en la genotipificación y clasificación de diferentes recursos de germoplasma de jujube
Autores: Li, Bin; Muhammad, Noor; Zhang, Shufeng; Lan, Yunxin; Yang, Yihan; Han, Shoukun; Liu, Mengjun; Yang, Meng
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
La repetición de secuencias simples basada en múltiples genomas es un método eficiente y exitoso en la genotipificación y clasificación de diferentes recursos de germoplasma de jujube
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Jujube
Diversidad genética
Marcadores SSR
Recursos de germoplasma
Programas de mejoramiento
MGB-SSR
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 9
Citaciones: Sin citaciones
El jujube (Mill.) es un árbol de importancia comercial nativo de China, conocido por su alto valor nutricional y amplia distribución, así como por sus diversos recursos de germoplasma. Al ser resistente a condiciones climáticas adversas, el cultivo de jujube podría proporcionar una solución a la inseguridad alimentaria y generar ingresos para las personas de regiones áridas y semiáridas dentro y fuera de China. La evaluación de los recursos de germoplasma y la diversidad genética en jujube requiere el uso de marcadores de Repetición de Secuencia Simple (SSR). Los marcadores SSR son altamente polimórficos y se pueden utilizar para evaluar la diversidad genética dentro y entre cultivares de jujube chino, y son importantes para la biología de la conservación, los programas de mejoramiento y el descubrimiento de rasgos importantes para la mejora del jujube chino en China y en el extranjero. Sin embargo, los métodos tradicionales de desarrollo de SSR son lentos e inadecuados para satisfacer las crecientes demandas de investigación. Para abordar este problema, desarrollamos un enfoque novedoso llamado identificación de SSR basada en múltiples genomas (MGB-SSR), que utiliza los genomas de tres cultivares de jujube para detectar rápidamente SSR polimórficos en el genoma de jujube. A través del proceso de selección, identificamos 12 pares de cebadores SSR, que luego se utilizaron para clasificar con éxito 249 genotipos de jujube. Basado en los resultados de genotipado, se estableció una tarjeta de identificación digital, que permite la identificación completa de las 249 plantas de jujube. El enfoque MGB-SSR demostró ser eficiente en la detección rápida de SSR polimórficos dentro del genoma de jujube. Notablemente, este estudio representa la primera diferenciación exitosa de los recursos de germoplasma de jujube utilizando 12 marcadores SSR, con 4 marcadores identificando con éxito genotipos de jujube triploides. Estos hallazgos ofrecen información valiosa para la clasificación del germoplasma de jujube chino, proporcionando así una asistencia significativa a los investigadores y mejoradores de jujube en la identificación de germoplasma de jujube desconocido.
Descripción
El jujube (Mill.) es un árbol de importancia comercial nativo de China, conocido por su alto valor nutricional y amplia distribución, así como por sus diversos recursos de germoplasma. Al ser resistente a condiciones climáticas adversas, el cultivo de jujube podría proporcionar una solución a la inseguridad alimentaria y generar ingresos para las personas de regiones áridas y semiáridas dentro y fuera de China. La evaluación de los recursos de germoplasma y la diversidad genética en jujube requiere el uso de marcadores de Repetición de Secuencia Simple (SSR). Los marcadores SSR son altamente polimórficos y se pueden utilizar para evaluar la diversidad genética dentro y entre cultivares de jujube chino, y son importantes para la biología de la conservación, los programas de mejoramiento y el descubrimiento de rasgos importantes para la mejora del jujube chino en China y en el extranjero. Sin embargo, los métodos tradicionales de desarrollo de SSR son lentos e inadecuados para satisfacer las crecientes demandas de investigación. Para abordar este problema, desarrollamos un enfoque novedoso llamado identificación de SSR basada en múltiples genomas (MGB-SSR), que utiliza los genomas de tres cultivares de jujube para detectar rápidamente SSR polimórficos en el genoma de jujube. A través del proceso de selección, identificamos 12 pares de cebadores SSR, que luego se utilizaron para clasificar con éxito 249 genotipos de jujube. Basado en los resultados de genotipado, se estableció una tarjeta de identificación digital, que permite la identificación completa de las 249 plantas de jujube. El enfoque MGB-SSR demostró ser eficiente en la detección rápida de SSR polimórficos dentro del genoma de jujube. Notablemente, este estudio representa la primera diferenciación exitosa de los recursos de germoplasma de jujube utilizando 12 marcadores SSR, con 4 marcadores identificando con éxito genotipos de jujube triploides. Estos hallazgos ofrecen información valiosa para la clasificación del germoplasma de jujube chino, proporcionando así una asistencia significativa a los investigadores y mejoradores de jujube en la identificación de germoplasma de jujube desconocido.