Las áreas de hundimiento de la minería del carbón en el norte de la provincia de Shaanxi en el norte de China suelen ser tierras secas de baja fertilidad, e el intercultivo es un método popular localmente para maximizar los rendimientos de los cultivos. La inoculación con endófitos septados oscuros (DSE) puede aumentar los rendimientos de los cultivos convencionales cultivados en monocultivo, pero se desconocen los efectos de DSE en el crecimiento y rendimiento de las plantas intercaladas. Aquí, se realizó un experimento de campo en una zona de hundimiento de la minería del carbón en la meseta loess en 2020 y 2021. Los dos cultivos fueron alforfón y alfalfa, con cuatro tratamientos para cada cultivo: control de cultivo único, cultivo único con inoculación de DSE, control de intercultivo y intercultivo con inoculación de DSE. Los rendimientos, las razones de equivalencia de tierras, las tasas de colonización de DSE y los componentes de rendimiento de alforfón y alfalfa se compararon en los diferentes tratamientos. Se realizó un análisis de regresión paso a paso y de análisis de ruta para identificar los factores que determinaron los rendimientos de los cultivos. Los rendimientos de alforfón y alfalfa intercalados con inoculación de DSE aumentaron en dos años consecutivos en comparación con el control de cultivo único, con aumentos de rendimiento en 2020 del 117% y 86%, respectivamente. En 2021, el rendimiento de alforfón en el intercultivo con inoculación de DSE no aumentó significativamente, pero el rendimiento de alfalfa aumentó un 120% en comparación con el control de cultivo único. El intercultivo de alforfón-alfalfa tiene la ventaja de aumentar el rendimiento. La inoculación de DSE aumentó significativamente el rendimiento del intercultivo de alforfón-alfalfa en 2020, pero no hubo ventaja de rendimiento en 2021. Los componentes de rendimiento de alforfón y alfalfa mostraron diferencias inconsistentes entre los tratamientos experimentales. El análisis de regresión paso a paso y de ruta muestra que la tasa de colonización de DSE jugó un papel importante en el rendimiento, que aumentó en alforfón y alfalfa en 2020 y 2021. DSE afectó el rendimiento del alforfón indirectamente al aumentar el peso del grano por planta, la absorción de fósforo de la planta y el contenido de nitrógeno de la planta. DSE afectó indirectamente los rendimientos de alfalfa al aumentar la absorción de nitrógeno de la planta y la altura de la planta. Por lo tanto, DSE puede tener potencial para aumentar los rendimientos en sistemas de intercultivo de alforfón-alfalfa en áreas de hundimiento de la minería del carbón.