En la agricultura de riego, la combinación de múltiples medidas de regulación es un método efectivo para mejorar el suelo salino y promover el crecimiento de los cultivos. El riego con agua ionizada magnetizada se considera una técnica prometedora de activación del agua de riego, mientras que su uso para la mejora del suelo es respetuoso con el medio ambiente. En este estudio, se utilizó el riego con agua ionizada magnetizada para promover el crecimiento del algodón bajo riego por goteo con mulch de película (FMDI) en suelo salino. Se realizó un experimento de campo de dos años para investigar los efectos de diferentes cantidades bajo dos tipos de agua de riego (agua ionizada no magnetizada (NMIW) y agua ionizada magnetizada (MIW)) en el crecimiento (altura de la planta, índice de área foliar, materia seca de los brotes y contenido de clorofila) y el rendimiento del algodón, así como el contenido de agua del suelo, la acumulación de sales, la eficiencia en el uso del agua (WUE) y la eficiencia en el uso del agua de riego (IWUE) bajo FMDI en un suelo salino en el sur de Xinjiang. Se aplicaron cinco cantidades de (0, 15, 30, 45 y 60 kg ha) bajo NMIW (designadas como B0, B1, B2, B3 y B4) y MIW (designadas como M, MB1, MB2, MB3 y MB4) a los experimentos de campo. Los resultados mostraron que MIW y aumentaron el contenido de agua del suelo y redujeron la acumulación de sales en las capas de suelo de 0-40 cm en comparación con B0. Además, las dos medidas aumentaron significativamente ( < 0.01) la altura de la planta de algodón, el índice de área foliar, la materia seca de los brotes y el contenido de clorofila en comparación con B0. También se observó un aumento significativo ( < 0.05) en el rendimiento de semilla de algodón, WUE e IWUE. En comparación con los tratamientos de NMIW, los tratamientos de MIW aumentaron el rendimiento de semilla de algodón en un 2.1-12.2%, aumentaron el WUE en un 0.2-9.0% y aumentaron el IWUE en un 2.1-12.2%. Bajo MIW, con la cantidad como variable independiente, se establecieron relaciones de función cuadrática con el rendimiento de semilla de algodón, WUE e IWUE. Al derivar la función cuadrática, se obtuvo el mayor rendimiento de semilla de algodón, WUE e IWUE con las cantidades de 51.8, 55.0 y 51.4 kg ha, respectivamente. Basándose en una consideración integral del rendimiento de semilla de algodón, WUE, IWUE y la acumulación de sales en el suelo, se recomienda una cantidad de 51.4 kg ha de bajo tratamiento de MIW para el algodón cultivado bajo FMDI en un suelo salino del sur de Xinjiang, China.