Al igual que otras funciones biológicas, la ingesta de alimentos y el metabolismo energético muestran ritmos diarios controlados por el sistema de temporización circadiana que comprende un reloj circadiano principal y numerosos relojes secundarios en el cerebro y los tejidos periféricos. Cada reloj circadiano secundario proporciona señales temporales locales basadas en bucles de retroalimentación transcripcional y translacional intracelular que están estrechamente interconectados con las vías de detección de nutrientes intracelulares. El deterioro genético de los relojes moleculares y la alteración en las señales de sincronización rítmica, como la luz ambiental por la noche o las comidas mal programadas, conducen a una disrupción circadiana que, a su vez, impacta negativamente en la salud metabólica. No todos los relojes circadianos son sensibles a las mismas señales de sincronización. El reloj maestro en los núcleos supraquiasmáticos del hipotálamo está mayormente sincronizado por la luz ambiental y, en menor medida, por señales conductuales acopladas a la excitación y el ejercicio. Los relojes secundarios generalmente se desfasen por señales metabólicas temporizadas asociadas con la alimentación, el ejercicio y los cambios de temperatura. Además, tanto el reloj maestro como los relojes secundarios son modulados por la restricción calórica y la alimentación alta en grasas. Teniendo en cuenta la regularidad de las comidas diarias, la duración de los períodos de alimentación, el cronotipo y el sexo, las estrategias crononutricionales pueden ser útiles para mejorar la robustez de la rítmica diaria y mantener o incluso restaurar el equilibrio energético apropiado.