Los abscesos odontogénicos son generalmente causados por bacterias del microbioma oral. Sin embargo, el cultivo diagnóstico de estas bacterias a menudo es propenso a errores y a veces falla completamente debido a la exigencia de las especies bacterianas relevantes. Surge la pregunta de si diagnósticos adicionales de patógenos utilizando métodos moleculares proporcionan beneficios adicionales para el diagnóstico y la terapia. Se utilizó un análisis experimental del gen 16S rRNA con secuenciación de nueva generación (NGS) y bioinformática para identificar el microbioma del pus en pacientes con infecciones odontogénicas severas y se comparó con el resultado del cultivo diagnóstico estándar. El microbioma del pus se determinó en 48 pacientes hospitalizados con un absceso odontogénico severo además de la detección estándar de patógenos por cultivo. La detección cultural fue posible en 41 (85.42%) de 48 pacientes, mientras que se pudo determinar un microbioma de pus en todos los casos. Los microbiomas mostraron infecciones polimicrobianas en 46 (95.83%) casos, mientras que la imagen de una mono-infección ocurrió solo dos veces (4.17%). En la mayoría de los casos, se encontró un espectro predominantemente anaerobio con una abundancia de bacterias en el microbioma del pus, mientras que el cultivo detectó principalmente spp. La determinación del microbioma de los abscesos odontogénicos muestra claramente un mayor número de bacterias y una proporción significativamente mayor de anaerobios que los métodos culturales clásicos. El análisis del gen 16S rRNA detecta considerablemente más bacterias que los métodos culturales convencionales, incluso en muestras negativas para cultivo. Los métodos moleculares deberían implementarse como estándares en los diagnósticos de microbiología médica, particularmente para la detección de infecciones polimicrobianas con predominancia de bacterias anaerobias.