Relaciones genéticas y firmas moleculares de divergencia en variedades tradicionales y morfotipos de
Autores: Zuluaga, Diana L.; D"Agostino, Nunzio; Blanco, Emanuela; Curci, Pasquale L.; Sonnante, Gabriella
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Relaciones genéticas y firmas moleculares de divergencia en variedades tradicionales y morfotipos de
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Tipos de vegetales
Genotipado por secuenciación
Razas locales
Estructura poblacional
Polimorfismos de un solo nucleótido
Domesticado
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 6
Citaciones: Sin citaciones
es una especie compleja que incorpora una gran variedad de tipos vegetales, incluyendo repollo, coliflor, brócoli, col rizada y otros. El sur de Italia, y especialmente la región de Puglia, es rica en variedades locales. En este estudio, se aplicó la genotipificación por secuenciación (GBS) a un panel de germoplasma de 82 muestras, en su mayoría variedades locales y algunas variedades comerciales, pertenecientes a varios morfotipos. La estructura de la población (K = 2), el análisis de componentes principales (PCA) y los análisis filogenéticos resultaron en una subdivisión general de nuestras muestras en dos grandes linajes: los tipos utilizados por sus hojas (LHL) y aquellos consumidos por sus cabezas florales (AIL). Al profundizar, los diferentes morfotipos se agruparon principalmente en clústeres específicos, y se observó una clara separación de variedades locales particulares, como el y el brócoli, en el análisis de estructura (K = 7), así como en el PCA y en el árbol de Neighbor-Joining. El cálculo del índice de fijación par a par (F, umbral > 0.50) entre los tipos LHL y AIL (basado en el análisis de estructura de población en K = 2) proporcionó 456 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) atípicos. Entre los ortólogos correspondientes anotados en , identificamos varios genes involucrados en el desarrollo de flores/inflorescencias, proliferación celular, etc. En general, nuestra investigación proporciona información útil sobre el conocimiento de las variedades locales domesticadas tempranas de y permite la atribución de material desconocido al rango taxonómico apropiado. El análisis de SNPs atípicos ha destacado firmas de divergencia molecular entre los linajes LHL y AIL.
Descripción
es una especie compleja que incorpora una gran variedad de tipos vegetales, incluyendo repollo, coliflor, brócoli, col rizada y otros. El sur de Italia, y especialmente la región de Puglia, es rica en variedades locales. En este estudio, se aplicó la genotipificación por secuenciación (GBS) a un panel de germoplasma de 82 muestras, en su mayoría variedades locales y algunas variedades comerciales, pertenecientes a varios morfotipos. La estructura de la población (K = 2), el análisis de componentes principales (PCA) y los análisis filogenéticos resultaron en una subdivisión general de nuestras muestras en dos grandes linajes: los tipos utilizados por sus hojas (LHL) y aquellos consumidos por sus cabezas florales (AIL). Al profundizar, los diferentes morfotipos se agruparon principalmente en clústeres específicos, y se observó una clara separación de variedades locales particulares, como el y el brócoli, en el análisis de estructura (K = 7), así como en el PCA y en el árbol de Neighbor-Joining. El cálculo del índice de fijación par a par (F, umbral > 0.50) entre los tipos LHL y AIL (basado en el análisis de estructura de población en K = 2) proporcionó 456 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) atípicos. Entre los ortólogos correspondientes anotados en , identificamos varios genes involucrados en el desarrollo de flores/inflorescencias, proliferación celular, etc. En general, nuestra investigación proporciona información útil sobre el conocimiento de las variedades locales domesticadas tempranas de y permite la atribución de material desconocido al rango taxonómico apropiado. El análisis de SNPs atípicos ha destacado firmas de divergencia molecular entre los linajes LHL y AIL.