Determinar marcadores moleculares para parásitos proporciona una herramienta útil para su identificación, particularmente para las etapas larvales con pocos caracteres diagnósticos distinguibles. Los cestodos aviares juegan un papel clave en las redes alimentarias y la biodiversidad de los humedales hipersalinos, sin embargo, siguen siendo poco estudiados. Utilizando individuos naturalmente infectados, identificamos larvas de cestodos (cisticercoides), evaluamos su diversidad genética y exploramos las relaciones filogenéticas en relación con la morfología larval y los hospedadores finales de aves acuáticas. Obtuvimos secuencias parciales de 18S rDNA para 60 cisticercoides de la familia Hymenolepidae que infectan spp. de siete localidades y tres países (España, EE. UU. y Chile). Presentamos las primeras secuencias de ADN para seis taxones: , sp., , sp. 1, sp. 2, y . La variación de secuencia intraespecífica (0.00-0.19% de diversidad) fue menor que la distancia genética intergrupal (0.7-14.75%). El análisis filogenético reveló tres clados principales: 1-, 2-, 3- y , todos los cuales se separaron de los himenolepídidos de mamíferos y aves terrestres. Esta clara separación entre taxones es congruente con la identificación morfológica previa, validando el gen 18S como un marcador útil para discriminar a nivel genérico/específico. Trabajar con hospedadores intermedios permite expandir el conocimiento de la diversidad taxonómica y genética de los cestodos en la vida silvestre, así como la elucidación de sus ciclos de vida.