Las condiciones edafoclimáticas influyen en las emisiones de óxido nitroso (NO) de los sistemas agrícolas donde las propiedades bioquímicas del suelo juegan un papel clave. Este estudio abordó las emisiones acumulativas de NO y sus relaciones con las propiedades bioquímicas del suelo en un experimento a largo plazo (26 años) con sistemas de agricultura integrada de cultivos y ganadería fertilizados con dos tasas de P y K. Los sistemas de cultivo consistieron en cultivos continuos fertilizados con la mitad de las tasas recomendadas de P y K (CCF1), cultivos continuos con las tasas recomendadas de P y K (CCF2), un sistema integrado de cultivos y ganadería con la mitad de las tasas recomendadas de P y K (ICLF1), y un sistema integrado de cultivos y ganadería con las tasas recomendadas de P y K (ICLF2). El ICLF2 puede haber promovido la mayor entrada de carbono en el suelo e influido positivamente en las propiedades bioquímicas del suelo. El carbono total (CT) fue más alto en ICLF2 en ambas temporadas de crecimiento. Las fracciones particuladas y asociadas a minerales en 2016 y 2017, respectivamente, y la fracción de biomasa microbiana en las dos temporadas de crecimiento también fueron muy altas. La fosfatasa ácida y la arilsulfatasa en ICLF1 e ICLF2 fueron más altas en 2016. Las propiedades del suelo que se correlacionaron con las emisiones acumulativas de NO fueron CT, nitrógeno total (NT), nitrógeno particulado (NP), nitrógeno disponible (ND), carbono orgánico asociado a minerales (COAM) y carbono de biomasa microbiana (CBM). Los resultados indicaron que ICLF2 induce una acumulación de fracciones de materia orgánica (MO) más estables que son no disponibles para la microbiota a corto plazo y resultan en menores emisiones de NO.