La identificación de especies y la clarificación de las relaciones filogenéticas son objetivos fundamentales en la delimitación de especies. Sin embargo, estas tareas presentan desafíos cuando se basan en morfologías, distribución geográfica y datos genómicos. Anteriormente, se describieron dos especies del género de helechos, x y , basadas en rasgos morfológicos; están filogenéticamente entrelazadas y no logran formar grupos monofiléticos. Para abordar las relaciones filogenéticas poco claras dentro del complejo de especies, se realizó secuenciación RAD en 65 individuos de cinco poblaciones. Nuestro análisis integrado de árboles filogenéticos, redes vecinas y estructuras genéticas indica que el complejo de especies no debe considerarse como especies separadas. Además, nuestros hallazgos revelan diferencias en el grado de diferenciación genética entre las cinco poblaciones, que varían de baja a moderada, lo que podría estar influenciado por la distancia geográfica y el flujo genético. Los valores de Fst también confirmaron que la diferenciación genética se intensifica con el aumento de la distancia geográfica. En conjunto, este estudio aclara las complejas relaciones filogenéticas dentro del complejo de especies, elucida la diversidad genética y la diferenciación a través de las poblaciones estudiadas, y ofrece valiosos conocimientos genéticos que contribuyen al estudio más amplio de las relaciones evolutivas y la genética de poblaciones dentro de la especie.