Los trastornos de comportamiento canino se han convertido en una de las preocupaciones más comunes y desafiantes entre los dueños de perros. Por lo tanto, existe una gran demanda de conocimiento sobre diversos factores que afectan las emociones y el bienestar de los perros. Entre ellos, el eje intestino-cerebro parece ser particularmente interesante, especialmente dado que en muchos casos el tratamiento estándar o las terapias conductuales mejoran insuficientemente el comportamiento animal. Por lo tanto, para enfrentar este desafío, se requiere urgentemente la búsqueda de nuevos métodos terapéuticos. Los datos existentes muestran que el microbioma intestinal, el sistema inmunológico y el sistema nervioso de los mamíferos están en comunicación continua e influyen en la fisiología y el comportamiento animal. Esta revisión tiene como objetivo resumir y discutir la evidencia científica más importante sobre la relación entre los trastornos mentales y el microbiota intestinal en los perros, presentando simultáneamente resultados comparables en humanos y modelos de roedores. Se incluye una visión general completa de los mecanismos cruciales del eje intestino-cerebro. Esto se refiere especialmente a los neurotransmisores cruciales para el comportamiento animal, que son regulados por el microbioma intestinal, y a los principales metabolitos microbianos: ácidos grasos de cadena corta (AGCC). Esta revisión presenta datos resumidos sobre la disbiosis intestinal en relación con el proceso inflamatorio dentro del organismo, así como la activación del eje hipotálamo-hipófiso-adrenal (HPA). Todos los mecanismos mencionados se presentan en esta revisión en estricta correlación con los cambios cerebrales y/o de comportamiento en el animal. Además, según estudios en humanos y animales de laboratorio, el microbioma intestinal parece estar alterado en individuos con trastornos mentales; por lo tanto, se implementan diversas estrategias para manipular el microbiota intestinal. Esto también se refiere al método de trasplante de microbioma fecal (TMF), basado en transferir la materia fecal de un donante al tracto gastrointestinal de un receptor para modular el microbiota intestinal. En esta revisión, se discuten los posibles efectos del procedimiento de TMF en los trastornos de comportamiento animal.