La mayoría de las frutas de árbol se cultivan comercialmente en diferentes sistemas de raíces, por lo tanto, se llaman plantas compuestas. La sección proporciona el sistema de raíces como el patrón, y la porción sobre el suelo se llama el injerto. La combinación se selecciona en base a diferentes características de las variedades de injerto, el patrón y las situaciones edáficas prevalecientes. La técnica de propagación vegetal de unir dos plantas (injerto/brotación) que comunica directamente nuevas características fisiológicas a la variedad de injerto deseable desde el patrón sigue siendo poco clara. A pesar de esto, esta técnica de propagación sigue siendo ampliamente aplicada en la multiplicación de varias especies de plantas frutales. En una planta injertada, los patrones afectan el crecimiento de la variedad de injerto, el rendimiento y las cualidades de calidad, la fisiología, la acumulación de nutrientes, así como la tolerancia al estrés biótico y abiótico de muchas maneras. La investigación moderna en ciencias vegetales para el secuenciamiento de próxima generación proporciona nueva información vital sobre las interacciones moleculares en plantas compuestas multiplicadas mediante injerto. Ahora se ha confirmado que el intercambio genético está ocurriendo entre el patrón y la variedad de injerto a través de las uniones de injerto. En este aspecto, discutimos el proceso y el mecanismo molecular de las interacciones entre patrón e injerto. Esta revisión finalmente explica la dinámica de las interacciones patrón-injerto, así como su efecto en la fisiología en términos de producción, tensiones ambientales y calidad de la fruta. Los mecanismos morfológicos, fisicoquímicos y moleculares han sido revisados para desarrollar una comprensión integrada de este proceso desconocido que cuestiona los paradigmas genéticos existentes. La presente revisión resume el mecanismo molecular reportado entre injerto y patrón, y el impacto de los patrones en la biología de la producción de variedades de injerto de frutas económicamente importantes, e identifica numerosos puntos clave a considerar al llevar a cabo experimentos de interacción patrón-injerto. Los patrones pueden ofrecer un enfoque no transgénico para responder rápidamente al entorno cambiante y expandir la producción agrícola de cultivos frutales perennes donde el injerto es posible para satisfacer la demanda global de frutas, alimentos y las demandas del futuro.