Para investigar la microbiota intestinal clave y los metabolitos asociados con el rendimiento de crecimiento de las familias, se utilizaron métodos de secuenciación de 16S rRNA y metabolómica LC-MS. En este estudio, se criaron 90 familias para evaluar el rendimiento de crecimiento. Después de 92 días de cultivo, se recolectaron grupos experimentales altos (H), medios (M) y bajos (L) que representaban tres niveles de rendimiento de crecimiento, respectivamente, de acuerdo con el aumento de peso y la tasa de crecimiento específica de las familias. La composición de la microbiota intestinal mostró que la abundancia relativa de Firmicutes, Lachnospiraceae, y fue mucho mayor en el Grupo H que en los grupos M y L. Mientras tanto, en comparación con los grupos M y L, el Grupo H tenía niveles significativamente más altos de espermidina, adenosina y creatinina, y niveles más bajos de L-citrulina. El análisis de correlación mostró que las abundancias de y estaban correlacionadas positivamente con los niveles de ácido alfa-cetoglutárico y L-arginina. La abundancia de también estaba correlacionada positivamente con los niveles de adenosina, taurina y espermidina. Notablemente, muchos metabolitos relacionados con el metabolismo y la biosíntesis de arginina, taurina, hipotaurina y ácidos grasos se regulaban al alza en el Grupo H. Este estudio contribuye a entender el panorama de la microbiota intestinal y los metabolitos asociados con el rendimiento de crecimiento de los camarones y proporciona una base para la cría selectiva.