El eje intestino-hígado representa un tema actual en la medicina humana. Amplias investigaciones analizan las modificaciones del microbioma intestinal (MI) en relación con varios tipos de enfermedades hepatobiliares crónicas (EHC), reconociendo muchos mecanismos e implicaciones terapéuticas. Esos aspectos en la medicina veterinaria aún están bastante inexplorados. El objetivo del presente estudio fue evaluar el MI en perros diagnosticados con EHC. Se realizó una comparación entre perros con EHC considerando algunas variables clínicas y bioquímicas (lipemia y actividades de alanina-aminotransferasa), presencia de colestasis o trastornos endocrinos, dieta). Sesenta y cinco perros fueron inscritos prospectivamente con evaluación clínica y hematobiológica y se realizó la secuenciación del MI de 16S-RNA. Se excluyeron los perros que recibieron administración de antibióticos y/o pre/pro/simbióticos. Se observó una alteración más profunda del MI entre perros con o sin colestasis EHC ultrasonográfica y bioquímica. La colestasis se asoció con una disminución en varios taxones bacterianos, incluyendo , , , , , y niveles más altos de y . Así, la alteración en el flujo y la composición de la bilis, típica de la colestasis, puede afectar directamente el entorno microbiano intestinal local. Para el manejo de perros con EHC y especialmente EHC colestática, los clínicos deben ser conscientes de que la interacción intestino-hígado puede llevar a disbiosis.