Las mitocondrias interactúan con el retículo endoplásmico (RE) a través de contactos llamados membranas asociadas a mitocondrias (MAM), que controlan varios procesos, como la respuesta al estrés del RE, la dinámica de mitocondrias y del RE, la inflamación, la apoptosis y la autofagia. Las MAM representan una plataforma importante para el transporte de fosfolípidos no vesiculares y colesterol. Por lo tanto, esta región está altamente enriquecida en proteínas involucradas en el metabolismo de lípidos, incluyendo las enzimas que catalizan la esterificación del colesterol en ésteres de colesterol (CE) y la síntesis de triacilgliceroles (TAG) a partir de ácidos grasos (AG), que luego se almacenan en gotas lipídicas (GL). Las GL, a través del contacto con otros orgánulos, previenen las consecuencias tóxicas de la acumulación de lípidos no esterificados (libres), incluyendo la lipotoxicidad y el estrés oxidativo, y sirven como reservorios de lípidos que pueden ser utilizados en múltiples condiciones metabólicas y fisiológicas. La degradación de las GL por autofagia libera lípidos almacenados para la producción de energía y la síntesis de componentes de membrana y otras macromoléculas. Se ha informado que la deposición patológica de lípidos y la disrupción de la autofagia ocurren en varias enfermedades neurodegenerativas, lo que apoya que las alteraciones en el metabolismo de lípidos son actores principales en la neurodegeneración. En esta revisión, discutimos la comprensión actual de la estructura y función de las MAM, centrándonos en sus roles en el metabolismo de lípidos y la importancia de la autofagia en el metabolismo de las GL, así como los cambios que ocurren en las enfermedades neurodegenerativas.