La relación entre humanos y animales es crucial para el bienestar animal. El manejo suave mejora la comodidad de los cerdos, mientras que el manejo brusco causa miedo y estrés. Este estudio examinó cómo diferentes cualidades de la relación humano-animal afectan el comportamiento y la variabilidad de la frecuencia cardíaca (parámetros lineales y no lineales) de 36 lechones. Durante seis semanas, los cerdos experimentaron manejo humano positivo (n = 12), mínimo (n = 12) o negativo (n = 12). Sus respuestas a los cuidadores fueron evaluadas en una arena experimental con cuatro fases: habituación, exposición al cuidador de pie y sentado, e interacción forzada. Los cerdos sometidos a un manejo negativo mostraron un aumento en comportamientos relacionados con el miedo, pasando menos tiempo en contacto con el cuidador. También mostraron respuestas de estrés aumentadas, con una mayor relación LF/HF y valores de Lmean en comparación con los cerdos manejados positivamente. Por el contrario, los cerdos manejados suavemente mostraron comportamientos afiliativos, aceptando más caricias y una mayor activación parasimpática, indicada por mayores valores de RMSSD/SDNN y SampEn, lo que sugiere un estado afectivo más positivo. Los cerdos manejados mínimamente exhibieron algunas similitudes de comportamiento con los cerdos manejados suavemente, aunque los datos fisiológicos indicaron que la interacción probablemente fue más gratificante para los cerdos manejados suavemente. Estos resultados enfatizan el impacto de las relaciones humano-animal en el bienestar de los cerdos y destacan el valor de incorporar parámetros no lineales de variabilidad de la frecuencia cardíaca en tales evaluaciones.