El conocimiento de los rasgos de latencia es importante en la cría de duraznos. El método tradicional de selección de plántulas lleva mucho tiempo debido al período juvenil de las plantas; por lo tanto, se necesitan métodos novedosos de selección asistida por marcadores para acelerar este trabajo. Los objetivos de este estudio fueron probar la extensión de la variabilidad en el gen entre 16 cultivares de durazno y establecer si la variabilidad puede ser utilizada como un marcador funcional para el momento de la ruptura de la endodormancia basado en una evaluación fenológica de 14 años que cubre nueve fases fenológicas consecutivas, desde la etapa de hilo hasta la maduración. Con base en un motivo SSR de , se detectaron tres categorías de alelos: un cultivar de durazno era heterocigoto (203/209), mientras que cinco de los 15 cultivares homocigotos llevaban un alelo de 203 pb y el resto se caracterizaban con 218 pb. Hubo correlaciones significativas entre los alelos y las diversas fases fenológicas, siendo la más fuerte observada en la etapa de hilo, marcando el final de la endodormancia. En esta etapa, explicó el 82,6% de la varianza fenotípica; los cultivares con el alelo 203 alcanzaron la etapa de hilo 11,7 días antes que aquellos con el alelo 218 pb. Este hallazgo hace que la selección sea un método valioso en la cría.