Es bien sabido que los perros altamente endogámicos son más propensos a enfermedades que los perros menos endogámicos o cruzados. Esto se debe a que la endogamia aumenta la carga de variantes recesivas perjudiciales. Utilizando los genomas de 392 perros pertenecientes a 83 razas, investigamos la asociación entre la abundancia de variantes perjudiciales homocigotas y la salud de los perros. Usamos el número de eventos de atención veterinaria no rutinaria para cada raza para evaluar el nivel de morbilidad. Nuestros resultados revelaron una relación positiva altamente significativa entre el número de variantes perjudiciales homocigotas ubicadas dentro de los tramos de corridas de homocigosidad (RoH) de las razas y el nivel de morbilidad. Las razas de perros con baja morbilidad tenían un promedio de 87 SNVs perjudiciales dentro del RoH, pero aquellas con morbilidad muy alta tenían 187 SNVs. También se observó una correlación altamente significativa para los SNVs de pérdida de función (LoF) dentro de los tramos de RoH. Las razas de perros que requerían más atención veterinaria tenían 2.3 veces más SNVs homocigotos LoF que aquellas que requerían menos atención veterinaria (112 frente a 50). Los resultados de este estudio podrían ser útiles para comprender la carga de enfermedades en los perros de raza y como guía para los programas de cría de perros.