El tipo de hábitat y el cambio de hábitat son factores muy importantes en la condición corporal de los pequeños mamíferos que los habitan. La respuesta puede ser positiva, aumentando, o lo contrario, disminuyendo la condición corporal. Analizamos los valores atípicos de los índices de condición corporal (ICC) de 12 especies atrapadas en nueve hábitats diferentes durante 1980-2023 en Lituania, un país de latitud media. Los hábitats mixtos y fragmentados, así como los hábitats comensales, podrían considerarse los menos adecuados para los pequeños mamíferos, basándose en las mayores proporciones de individuos en mal estado y las bajas proporciones de individuos en buen estado. Por el contrario, los prados y los hábitats perturbados (vertederos y colonias de cormoranes) tenían las mayores proporciones de individuos en buen estado, mientras que la proporción de individuos en mal estado era mucho menor de lo esperado. Encontramos valores atípicos en el ICC en todas las especies, excepto en los ratones de campo en mal estado (Micromys minutus), y en todos los hábitats, aunque no eran numerosos. La presencia del ICC más alto en los ratones de cuello amarillo (Apodemus flavicollis) y en los topillos de banco (Clethrionomys glareolus) en los hábitats perturbados estudiados y en los ratones domésticos (Mus musculus) en hábitats comensales puede estar relacionada con los recursos proporcionados por estos hábitats. Nuestros resultados demuestran la viabilidad de utilizar datos morfométricos retrospectivos de pequeños mamíferos para analizar su relación con el hábitat.