En los últimos años, los avances en los análisis de la morfología del esperma y la genética han permitido sugerir dos escenarios evolutivos para este mejillón: (1) el escenario de especies crípticas y (2) el escenario de especiación incipiente o en progreso. Para una mejor comprensión de la historia evolutiva, realizamos un muestreo extenso a lo largo de un gradiente latitudinal de aproximadamente 7180 km de costa, desde el Océano Pacífico Sur hasta el Océano Atlántico, y profundizamos en la morfología del esperma, explorando su asociación con la filogenia y la genética poblacional para determinar si la variabilidad en las características del esperma entre las regiones norte y sur era una señal de especies crípticas o incipientes. En general, nuestros resultados mostraron que los tamaños del esperma estaban fuertemente correlacionados con la estructura genética en machos. Identificamos en 37 grados S en la costa del Pacífico un quiebre coincidente tanto del tamaño del esperma como de la interrupción genética que puede ser explicado por eventos históricos y recolonización postglacial como fenómenos causales de las divergencias observadas. Además, se encontró evidencia de mezcla genética entre linajes en 38 grados S, lo que sugiere la presencia de una zona de hibridación introgresiva y un aislamiento reproductivo incompleto en un proceso de especiación incipiente.