Este trabajo proporciona una visión general sobre el impacto de la dieta de los murciélagos en su comunidad de microorganismos intestinales y su influencia en la patogenicidad potencial. La expansión humana genera alteraciones en el hábitat natural, lo que obliga a los murciélagos a buscar sitios alternativos, llevando al contacto con otros animales, incluidos los humanos. Explorar la relación entre los hábitos dietéticos de los murciélagos y la variedad de su microbioma podría contribuir a esclarecer el papel potencial de los murciélagos como reservorios de microorganismos multirresistentes y sus implicaciones en la diseminación de virus mutantes y bacterias resistentes a antibióticos en el medio ambiente y, posiblemente, en su transmisión a humanos y a animales domésticos y salvajes.