La literatura ha identificado la mala nutrición como el factor principal en la manifestación de muchos problemas de comportamiento en los animales, incluyendo la agresión, la hipervigilancia y las estereotipias. La literatura centrada en todas las especies de interés ha informado consistentemente que, aunque no había diferencias significativas en la riqueza de taxones bacterianos específicos en la microbiota de sujetos individuales con comportamiento anormal (denominada diversidad alfa), había variabilidad en la diversidad de especies entre estos sujetos en comparación con los controles (denominada diversidad beta). Como se observa en humanos con trastornos mentales, los animales que exhiben comportamiento anormal a menudo tienen un enriquecimiento de bacterias proinflamatorias y productoras de ácido láctico y una reducción de bacterias productoras de butirato. Es evidente en la literatura que existe una asociación entre la diversidad de la microbiota intestinal (y, por extensión, la producción concurrente de metabolitos microbianos) y los fenotipos de comportamiento anormal en varias especies, incluyendo cerdos, perros y caballos. Cambios similares en la población de microbiota también son evidentes en pacientes humanos con problemas de salud mental. Sin embargo, hay datos insuficientes para identificar esta asociación como causa o efecto. Esta revisión proporciona hipótesis comprobables para futuras investigaciones que establezcan relaciones causales entre la microbiota intestinal y los problemas de comportamiento en los animales, ofreciendo un potencial prometedor para el desarrollo de nuevas intervenciones terapéuticas y/o preventivas destinadas a restaurar un eje intestino-cerebro-inmunológico saludable para mitigar los problemas de comportamiento y, a su vez, mejorar la salud, el rendimiento y la producción en los animales.