La heterogeneidad de la microbiota cervico-vaginal se puede apreciar en diversas condiciones, tanto patológicas como no patológicas, y puede variar según factores biológicos y ambientales. Aún se están realizando intentos para definir la interacción y el papel de los diversos factores que constituyen esta comunidad de comensales en la protección inmune, los procesos inflamatorios y la aparición de lesiones precoces del epitelio cervical. A pesar de los muchos estudios sobre la relación entre la microbiota, la inmunidad y los tumores cervicales relacionados con el VPH, aún se deben explorar más aspectos. En este artículo de revisión, examinaremos las principales características de los microorganismos comúnmente encontrados en muestras cervico-vaginales (i) los factores que condicionan notoriamente la diversidad y composición de la microbiota, (ii) el papel que algunas familias de organismos pueden desempeñar en la aparición de lesiones displásicas relacionadas con el VPH y en la progresión neoplásica, y (iii) posibles enfoques diagnóstico-terapéuticos.