El impacto que las Enfermedades No Transmisibles (ENT) tienen en el estado de salud de la población ha generado la necesidad de un análisis profundo de los hábitos de salud y las ENT. Además de su impacto significativo en la salud de la población, este fenómeno también se traduce en consecuencias económicas sustanciales para los países. Este estudio profundiza en el análisis de la relación entre los hábitos de salud y las ENT entre la población económicamente activa de México. A través de un enfoque híbrido que integra el uso de modelos de aprendizaje automático (ML) y un modelo de ecuaciones estructurales (SEM), buscamos cuantificar los efectos causales directos e indirectos entre los hábitos de salud y las ENT. Para este estudio, se utiliza información de la Encuesta Nacional de Salud y Nutrición 2022 realizada en México para la población en edad laboral. Según los resultados obtenidos en la primera etapa de análisis utilizando ML, se identificaron las variables más relevantes (hábitos de salud) que impactan la probabilidad de que los individuos presenten ENT (precisión de bosque aleatorio del 78.66% y Lasso con 71.27%). La segunda etapa de análisis a través de SEM utilizando las variables más relevantes, que fueron seleccionadas a través de ML, nos permitió medir el efecto causal directo e indirecto de los hábitos de salud en las ENT. El modelo SEM fue estadísticamente significativo (Chi-cuadrado: 449.186; valor de p = 0.0000) y reveló que los hábitos de salud negativos, como una mala dieta, la inactividad física, fumar y el consumo de alcohol, aumentan significativamente el riesgo de ENT en la población en edad laboral en México (0.23), mientras que la actividad física vigorosa y el salario tienen un impacto negativo (-0.17 y -0.23, respectivamente) en la presencia de ENT. Este estudio destaca la capacidad de los enfoques de aprendizaje automático y SEM para modelar el impacto de los hábitos de salud en las ENT para la población económicamente activa en México.