El campo de investigación del microbioma ha evolucionado rápidamente en las últimas décadas, convirtiéndose en un tema importante de interés científico y público. La microbiota intestinal (MI) es la población microbiana que vive en el intestino. La MI tiene muchas funciones, como mantener la homeostasis intestinal y la salud del huésped, proporcionar defensa contra patógenos entéricos y participar en el desarrollo del sistema inmunológico. Varios estudios han demostrado que la MI está implicada en la disbiosis y se presume que contribuye a la neurodegeneración. Esta revisión se centra principalmente en describir la conexión entre las alteraciones del microbioma intestinal (disbiosis) y el inicio de enfermedades neurodegenerativas para explorar los mecanismos que vinculan la MI con la salud del sistema nervioso, como el eje intestino-cerebro, así como las vías mitocondriales, la inmunidad humoral adaptativa y las vías microvesiculares. La comunicación intestino-cerebro depende de un flujo bidireccional continuo de señales moleculares intercambiadas a través de la circulación neural y sistémica. Estas vías representan un posible nuevo objetivo terapéutico contra la neuroinflamación y la neurodegeneración. Se necesita desesperadamente progreso en este contexto, considerando la gravedad de la mayoría de las enfermedades neurodegenerativas y la actual falta de tratamientos efectivos.