(1) Antecedentes: A lo largo de la pandemia de COVID-19, se hizo evidente que las personas que sufrían de obesidad, diabetes mellitus (T2DM) y síndrome metabólico (SM) desarrollaban con frecuencia complicaciones cardiovasculares persistentes, lo que pudo explicar parcialmente el inicio del síndrome de COVID-19 prolongado. (2) Métodos: Nuestro objetivo fue documentar, mediante ecocardiografía transtorácica (ETT), la presencia de alteraciones cardíacas en 112 pacientes que sufrían de síndrome post-agudo de COVID-19 y T2DM, SM y/o obesidad, en comparación con 91 individuos sin disfunciones metabólicas (DM); (3) Resultados: en pacientes con DM, se evidenció con mayor frecuencia función ventricular izquierda (FVI) y/o función ventricular derecha (FVD) límite/anormal, junto con disfunción diastólica (DD), en comparación con los controles (p < 0.001). Se observaron asociaciones estadísticamente significativas entre los parámetros de ETT y el número de factores que definen el SM, el índice triglicérido-glucosa (TyG), la gravedad de la infección por SARS-CoV-2 y el número de síntomas persistentes (p < 0.001). Se destacaron valores predictivos significativos para los niveles iniciales de proteína C-reactiva y los niveles del índice TyG, tanto para los niveles iniciales como para los de seguimiento a los 6 meses de estas anomalías en ETT (p < 0.001), mediante un análisis de regresión multivariante. (4) Conclusiones: en pacientes diabéticos con SM y/o obesidad con síndrome post-agudo de COVID-19 comórbido, una ETT integral delineó varias alteraciones cardiovasculares, en comparación con los controles. Después de 6 meses, la FVI y la FVD parecieron normalizarse; sin embargo, la DD, aunque algo mejorada, persistió en aproximadamente una cuarta parte de los pacientes con DM, posiblemente debido a cambios miocárdicos crónicos.