Muchas técnicas adoptadas por los cultivadores de cultivos anuales, que abordan desafíos como enfermedades, no son viables para sistemas perennes. La vegetación de cobertura del suelo se puede emplear como un método natural para aumentar la salud del suelo y el rendimiento de las plantas perennes; sin embargo, las especies de cultivos de cobertura pueden diferir en los efectos de retroalimentación planta-suelo que modulan la rizosfera. Para investigar la relación entre la identidad del cultivo de cobertura y la composición microbiana del suelo y determinar los posibles impactos de las especies de cultivos de cobertura en la ocurrencia de patógenos en sistemas perennes, caracterizamos las comunidades fúngicas en el suelo muestreado de nueve especies de cultivos de cobertura utilizadas para la cobertura del suelo debajo de las vides en tres viñedos separados en Okanagan. Las características del suelo, especialmente los niveles de fósforo disponible, variaron significativamente entre los sitios, con SuRDC a 39.9 ppm, Covert a 140.1 ppm y Kalala a 276.2 ppm. De las 1876 especies fúngicas, SuRDC mostró una menor riqueza y diversidad. Un modelo de bosque aleatorio clasificó las muestras por sitio con un 98.4% de precisión ( < 0.001), pero la clasificación de cultivos de cobertura fue mínima (2.4% de precisión). Phacelia tuvo una varianza significativamente menor en la diversidad de Shannon ( = ) y la diversidad de Simpson ( = ). El trébol ladino Crescendo tuvo redes fúngicas más simples que el trigo sarraceno, con una correlación negativa entre el recuento de especies fúngicas y la afinidad de co-ocurrencia en los cultivos de cobertura ( < 0.001). Encontramos que dentro de los sitios, las comunidades fúngicas del suelo no variaban mucho en composición y medidas de estructura comunitaria, independientemente de la identidad del cultivo de cobertura. Los Nectriaceae fueron abundantes en todas las muestras, lo que sugiere que los cultivos de cobertura pueden reclutar ciertos patógenos fúngicos. Las comunidades fúngicas del suelo fueron distintas entre los sitios, lo que indica que las condiciones específicas del sitio pueden desempeñar un papel más importante en la formación de las comunidades fúngicas del suelo en los viñedos de BC que las interacciones entre cultivos de cobertura y microbios y que los cultivos de cobertura no tienen beneficios consistentes a corto plazo.