Existen estudios extensos sobre la morfología de los cromosomas y la diversidad del cariotipo en primates, sin embargo, aún carecemos de información sobre la inestabilidad genómica como un factor clave que subyace a la enorme variabilidad cromosómica interespecies y su posible contribución a la dinámica evolutiva. En este sentido, la evaluación de las frecuencias de intercambio de cromátidas hermanas espontáneas (SCE) representa una herramienta poderosa para evaluar la estabilidad del genoma. Aquí, empleamos metodologías de G-banding, fluorescencia más Giemsa (FPG) y hibridación in situ por fluorescencia de orientación de cromosomas (CO-FISH) para caracterizar tanto las frecuencias específicas de cromosomas de SCE que ocurren espontáneamente a lo largo del genoma (G-SCE) como las SCE específicas de telómeros (T-SCE). Analizamos cultivos de fibroblastos primarios de dos especies masculinas que viven en cautiverio: (APA) y (ACH). Se observaron altas frecuencias de G-SCE en ambas especies. Curiosamente, los G-SCE se agruparon en pares de cromosomas evolutivamente relevantes: cromosomas 1, 2, 3, 4 y 7 de ACH, y cromosomas 1, 2, 3, 4/12, 7 y 10 de APA. Además, también se detectó una diferencia estadísticamente significativa entre las frecuencias de G-SCE observadas y las esperadas, no correlacionadas con el tamaño del cromosoma. Los análisis de CO-FISH revelaron la presencia de eventos de recombinación específicos de telómeros en ambas especies, que incluían T-SCE, así como señales de telómeros intersticiales y duplicaciones de telómeros, con cromosomas de APA mostrando frecuencias más altas en comparación con ACH. Nuestros análisis apoyan la hipótesis de que las regiones de los cromosomas susceptibles a eventos de recombinación son sitios frágiles y puntos calientes evolutivos. Por lo tanto, proponemos los análisis de SCE como un indicador valioso de inestabilidad genómica en primates no humanos.