Los sumideros de carbono de los ecosistemas pueden compensar parte de las emisiones de carbono de las actividades humanas, desempeñando un papel significativo en el proceso de neutralidad de carbono. Aclarar la relación entre las emisiones de carbono y los servicios ecosistémicos es crucial para lograr los objetivos duales de neutralidad de carbono y protección del medio ambiente ecológico. La gestión efectiva de los ecosistemas es un requisito previo para controlar las emisiones de carbono, así como para la conservación y restauración de los ecosistemas, contribuyendo significativamente a la reducción de emisiones y al aumento de los servicios ecosistémicos. Por lo tanto, este estudio toma como ejemplo la provincia de Guangdong, comenzando con zonas funcionales ecológicas - unidades que pueden mejorar la efectividad de la gestión de ecosistemas - combinando datos de múltiples fuentes y métodos localizados para desarrollar datos anuales de emisiones de carbono (EC) y valor de servicios ecosistémicos (VSE) desde 2000 hasta 2020, y revela las relaciones espaciotemporales entre las EC y el VSE. Los resultados mostraron lo siguiente de 2000 a 2020: (1) Las EC netas aumentaron de 203.73 a 482.80 millones de toneladas, lo que representa un aumento de 279.07 millones de toneladas, o 136.98%. La zona de seguridad residencial metropolitana (ZSRM) fue el área de fuente de carbono dominante, representando más del 60% del total de las EC netas. (2) El VSE total disminuyó gradualmente de 596.95 a 504.56 mil millones de CNY, lo que representa una disminución de 92.39 mil millones de CNY, o 15.48%. La ZC tuvo el VSE más alto, representando más del 50% del total en todos los períodos. (3) Temporalmente, las EC netas estaban negativamente correlacionadas con el VSE total en el área de estudio, especialmente en la ZSRM, mientras que se observó una correlación positiva en la zona de provisión de productos agrícolas (ZPPA). Espacialmente, los principales clústeres fueron clústeres Bajo-Bajo y Alto-Bajo, distribuidos principalmente en la ZPPA y la ZSRM. Este estudio explora y revela la relación espaciotemporal entre las EC y el VSE, proporcionando referencias valiosas para investigaciones relacionadas en la provincia de Guangdong y otros estudios comparativos regionales.