La manipulación de la autofagia para la terapia del cáncer ha ganado un interés reciente en entornos clínicos. Aunque la inhibición de la autofagia se está utilizando actualmente en ensayos clínicos para el tratamiento de varias malignidades, se ha demostrado que la autofagia tiene diversas implicaciones para la homeostasis celular normal, la supervivencia de las células cancerosas y la señalización a las células en el microambiente tumoral. Entre estas implicaciones y de relevancia para la terapia del cáncer, se sabe que el proceso autofágico está involucrado en la regulación de la secreción de proteínas, en la inmunogenicidad de las células tumorales y en la regulación de la transición epitelial a mesenquimal (EMT), un paso crítico en el proceso de invasión de las células cancerosas. En este trabajo, hemos revisado evidencia reciente que vincula la autofagia con la regulación de la EMT en células cancerosas y epiteliales normales, y hemos discutido importantes implicaciones para la manipulación de la autofagia durante la terapia del cáncer.