Antecedentes: Estudios recientes han establecido asociaciones entre la microbiota intestinal (MI) y las enfermedades tiroideas (ETs). Sin embargo, sus relaciones causales siguen siendo elusivas. Métodos: Para investigar esta causalidad, realizamos un análisis de aleatorización mendeliana (AM) de dos muestras utilizando datos de estudios de asociación del genoma completo (EAGC) de MiBioGen y FinnGen, con la MI como exposición y seis ETs como resultados. Resultados: Identificamos 32 taxones microbianos vinculados al riesgo de seis ETs. Los , , y mostraron efectos protectores contra el bocio difuso no tóxico (BDNT). Por el contrario, un mayor riesgo de BDNT se asoció con , , , , y . y fueron protectores contra el bocio multinodular no tóxico (BMNT), mientras que el y aumentaron el riesgo de BMNT. Se observaron efectos protectores contra el nódulo tiroideo único no tóxico (NTUN) con , , y , mientras que el riesgo aumentado se vinculó a , el , y . , , y ofrecieron protección contra la tirotoxicosis con enfermedad de Graves (EG), mientras que el , , , , , y fueron factores de riesgo. Para la tirotoxicosis con enfermedad de Plummer (EP), los taxones protectores incluyeron y , mientras que , , , , , y aumentaron el riesgo. Por último, fue protector contra la tirotoxicosis con nódulo tiroideo único tóxico (NTUT), mientras que el riesgo aumentado se asoció con , , y . Conclusiones: Nuestros hallazgos apoyan una relación causal entre la MI específica y las ETs a nivel genético, sentando las bases para futuras investigaciones sobre posibles mecanismos y la identificación de nuevos objetivos terapéuticos.