La producción de lípidos microbianos con rentabilidad es un requisito previo para el sector oleoquímico. En este trabajo, se estudiaron las respuestas transcripcionales a nivel genómico sobre la utilización de xilosa y glucosa en oleaginosas en relación con el crecimiento y los rasgos fenotípicos de lípidos. El análisis comparativo de las etapas de crecimiento activo (t1) y acumulación de lípidos (t2) mostró que las culturas C5 consumían eficientemente fuentes de carbono para la producción de biomasa y lípidos, comparable a las culturas C6. Mediante comparación par a par, se identificaron 599 y 917 genes expresados diferencialmente (DEGs) en los grupos t1 y t2, respectivamente, en los cuales los DEGs consensuados se categorizaron en enzimas degradadoras de polisacáridos, transportes de membrana y procesos celulares. También se encontró una discriminación en las respuestas transcripcionales del conjunto de DEGs en varios genes metabólicos, principalmente en los metabolismos de carbohidratos, aminoácidos, lípidos, cofactores y vitaminas. Aunque el metabolismo central de carbohidratos se compartió entre las culturas C5 y C6, las funciones metabólicas en la generación de acetil-CoA y NADPH, y la biosíntesis de la estructura básica de terpenoides, ácidos grasos, esteroides y aminoácidos se asignaron para aprovechar la producción de biomasa y lípidos a través de al menos el control transcripcional. Este estudio reveló redes metabólicas robustas en la oleaginosidad que gobierna el flujo de glucosa/xilosa hacia la biosíntesis de lípidos, lo que proporciona pistas significativas para futuros desarrollos de procesos de producción de lípidos microbianos utilizando materias primas de azúcar celulósico.