El nitrógeno (N) es un nutriente crucial que desempeña un papel significativo en el aumento del rendimiento de los cultivos. Su disponibilidad, incluyendo tanto el suministro como la deficiencia, sirve como una señal crucial para el desarrollo de las plantas. Sin embargo, el uso excesivo de N en la agricultura conduce a problemas ambientales y económicos. Por lo tanto, mejorar la eficiencia en el uso del nitrógeno (NUE) es esencial para minimizar los impactos negativos. Estudios previos han investigado los factores genéticos involucrados en las respuestas al N y el proceso de adaptación a condiciones de bajo nitrógeno (LN). En esta revisión, discutimos los avances recientes en la comprensión de cómo las modificaciones epigenéticas, incluyendo la metilación del ADN, la modificación de histonas y el pequeño ARN, participan en la regulación de la respuesta al N y la adaptación a LN. Destacamos la importancia de decodificar el epigenoma en varios niveles para acelerar el estudio funcional de cómo las plantas responden a la disponibilidad de N. Comprender el control epigenético de la señalización y adaptación al N puede llevar a nuevas estrategias para mejorar la NUE y aumentar la productividad de los cultivos de manera sostenible.